Landet befinner sig sedan flera år i en energikris som blivit än värre det senaste året.
Presidentens talespersonen Vincent Magwenya säger till AFP att minst tio soldater kommer att placeras vid varje station till att börja med och att fler väntas tillkomma.
Bakgrunden till åtgärden är enligt Magwenya är den ökade risken för "sabotage, stöld, vandalisering och korruption" vid de kol- och dieseleldade kraftstationerna.
Sydafrika har drabbats av återkommande strömavbrott de senaste femton åren men i år har de varit fler än någonsin. Ofta är det flera avbrott om dagen och en enskild dag kan strömmen vara avstängd upp till elva och en halv timme.
Tidigare i veckan meddelade det statliga elbolaget Eskoms vd Andre de Ruyter att han lämnar sin post med hänvisning till att kriminalitet och korruption omöjliggjort hans arbete.