Piteååkarna Jesper Nelin (tre bom, +1.41) och Peppe Femling (två bom, +1.52) tog sig in bland de 60 främsta som får köra lördagens jaktstart.
Samuelsson hade redan inför den avslutande världscuphelgen i Östersund gjort sin bästa säsong i karriären.
Genom fredagens andraplats i sprinten, Samuelssons femte individuella pallplats den här vintern, befäste han det ytterligare.
Just sprint (två andraplatser och en tredjeplats) har tillsammans med jaktstart (en seger och en andraplats) blivit något av 23-åringens specialitet. Det här var till exempel sjätte gången på nio sprintar som Samuelsson sköt fullt.
Ändå var känslan efteråt inte enbart positiv.
– Det räcker inte att skjuta fullt och åka snabbast om man ska vinna. Man måste skjuta snabbt också. Det får inte bli något strul någonstans, säger Samuelsson.
Ja, den här gången hade han alltså snabbast åktid av samtliga åkare, men det räckte ändå inte till seger.
Italienaren Lukas Hofer åkte han 0,9 sekunder långsammare än Samuelsson, men var snäppet bättre inne på skjutvallen och vann till slut med fyra sekunders marginal.
– Lite surt så klart. En andraplats är jättebra men segrar är också roliga. Jag var väldigt nära i Nove Mesto (också tvåa i sprint) och nu var det nära här. Det är klart att det grämer mig lite. Men, ah, man får inte vara sur över det utan njuta av en andraplats, säger Samuelsson.