Therese Johaug vann tio kilometer klassiskt med 30,1 sekunders marginal till tvåan Krista Pärmäkoski från Finland loch 44,4 sekunder till ryska trean Natalia Nepryaeva.
Charlotte Kalla åkte in som 17:e åkare – 1.22,6 bakom Johaug och som fjärde bästa svenska. Hon blev slagen av Frida Karlsson (11), Piteå Elit-kamraten Jonna Sundling (12) och Elina Rönnlund (15).
Kalla var besviken och kortfattad när hon fick frågan om avstånden upp till pallen.
– De är långa, säger Charlotte Kalla.
– Sekunderna rann i väg väldigt, väldigt snabbt.
Hon fick slita i spåren och hade likt fredagens klassiska sprint inte några kanonskidor. Det var svåra förhållanden eftersom att det likt i fredags snöade en hel del under loppet.
– Jag förväntade mig inte heller att ha lika bra fäste, säger Charlotte Kalla.
– Jag kände mig segare i dag och upplevde att det var tyngre före med de mjuka spår som var.
I fredags var hon mindre en sekund från att ta sig vidare till prologen. Efter det loppet lämnade Charlotte Kalla arenan utan att genomföra någon intervju. Under lördagen berättade Kalla att det var tufft att missa kvartsfinal med så liten marginal.
– Det var tråkigt att inte gå vidare, säger Kalla som fick slita med dåliga skidor i sprintprologen.
– Det kändes ändå som att det fanns något i åkningen som kunde bli bra. Det var tråkigt att inte få fler sprintrejs.
Men samma känsla hade hon inte under lördagens distanslopp.
– Bara att lämna det här bakom sig, säger Charlotte Kalla som är 21:a i sammandraget inför söndagens avslutande jaktstart.
Hon är 1.28 bakom totalledaren Johaug och 1.01 bakom tredjeplacerade Pärmäkoski.
– Jag ska försöka göra en bra individuell skejtprestation för totalen har jag ingenting med att göra, säger Charlotte Kalla.
– Jag har inte så mycket mer att säga.