Förstaårssenioren från Luleå vann grenguld i räck före olympiern och Älvsbyfödde David Rumbutis.
19-årige Stenberg hade 12,400 i poäng medan Rumbutis, som tävlar för All Star Gymnastics, slutade tvåa med 12,150 poäng.
– Jag är jätte-, jättenöjd, säger han.
Det blev ytterligare tre medaljer för honom under söndagen. Stenberg knep brons i fristående, bygelhäst samt ringar.
– Jag hade inte kunnat föreställa mig att det skulle gå så här bra, säger Marcus Stenberg som i helgen gjorde sina första tävlingar sedan knäoperationen i januari.
Lördagens tredjeplats smällde lite extra högt berättar Stenberg.
– Jag var så himla glad över bronset i mångkamp att jag knappt kunde sova efteråt, säger han.
21-årige David Rumbutis, som flyttade från Älvsbyn för tio år sedan, knep tre guld under söndagens grenfinaler – i hopp, ringar och bygelhäst.
Även junior-SM avgjordes i helgen i Arcushallen. Där blev det också medaljer till arrangörsklubben genom 16-årige Olof Antti som vann guld i barr samt knep ett silver i hopp. Under lördagen slutade Antti sjua i mångkampen.