Rasmus Månsson och Lucas Wikberg gjorde ett mål var för Luleå Akademi.
Efter en mållös första halvlek tog Luleå Akademi ledningen i andra halvleken och hemmalaget lyckades inte resa sig.
IFK Kalix 2 har nu fem poäng efter fem spelade matcher, medan Luleå Akademi har tio poäng efter fyra matcher.
I nästa omgång har Luleå Akademi Haparanda hemma på Nyabvallen, måndag 5 juli 20.00.