Första halvlek blev mållös, men direkt efter pausen slog Radoslaw Erlich till och gav Skellefteå ledningen.
Alex Åman ökade Skellefteås ledning i 79:e minuten. Det fastställde slutresultatet till 0-2.
Skellefteås nya tabellposition är fjärde plats, medan Notviken är på åttonde plats.
I nästa omgång har Notviken Boden hemma på Tunavallen, onsdag 7 juli 18.00.