Det var i matchen den 21 november när Marseille gästade Lyon som Marseillespelaren Dimitri Payet, fick en flaska kastad i huvudet när han skulle slå en hörna.
Payet föll till marken men kunde lämna planen med en ispåse mot huvudet, någorlunda oskadd.
Flaskan kastades in från läktaren bara någon minut in i matchen, som bröts och senare sköts upp.
– Vi kan inte tolerera att spelare angrips på det här sättet, sade den franska idrottsministern Roxana Maracineanu om händelsen kort efter att den inträffat.
Det är en i raden av händelser med supporterstök inom den franska ligafotbollen den här säsongen. Man har försökt att lösa problemen med att låta lagen spela på neutral plan eller inför tomma läktare, men nu har ligan beslutat att låta den sportsliga konsekvensen bli större och har därför beslutat att ge Lyon poängavdrag.
Det är inte första gången. Nice bestraffades med två poängs avdrag sedan åskådare både kastat in föremål och stormat planen i mötet med Marseille i augusti.
Montpellier och Angers har haft liknande problem med sina supportrar när deras lag spelat mot Marseille, som dock inte är ensamt om att utsättas för våld.
I september stormades planen under matchen mellan Lens och Lille. Dessutom utbröt slagsmål på läktaren. Under en match mellan PSG och Lyon skadades en tonåring efter att ett säte kastats, och i oktober sköts matchen mellan Saint-Étienne och Angers upp en dryg timme på grund av ordningsproblem.