Matchen slutade 1-2 (0-0) efter att Boden City avgjort matchen i andra halvlek.
Ali Rahimi gjorde hemmalagets mål, medan Ssebiragala Shimex gjorde båda målen för bortalaget.
Med fyra omgångar kvar är Haparanda på fjärde plats i tabellen, och Boden City är på tredje plats.
Onsdag 9 september 19.00 spelar Haparanda borta mot IFK Luleå 2. Boden City möter Ohtana/Aapua borta på Skolvallen lördag 5 september 16.00.