Första halvlek blev mållös, men direkt efter pausen slog Msgna Tekeste Tedla till och gav Älvsbyn ledningen.
I 73:e minuten ökade Albin Nilsson ledningen.
Med sju minuter kvar att spela reducerade Munksund-Skuthamn genom Jens Jonsson. Mer än så blev det dock inte för Munksund-Skuthamn.
Det här var Munksund-Skuthamns andra uddamålsförlust den här säsongen.
Munksund-Skuthamn har nu sex poäng efter fyra spelade matcher, medan Älvsbyn har sju poäng efter fem matcher.
Nästa motstånd för Munksund-Skuthamn är Ersnäs. Lagen möts onsdag 1 juni 19.00 på Pålbacka. Älvsbyn tar sig an Arvidsjaur borta onsdag 15 juni 19.30.