Trots en niondeplats efter sprinten vann Larsen 19 sekunder före estniska hemmahoppet Daisy Kudre, efter drygt en timmes åkning.
Guldet i Kääriku var Lisa Larsens första i karriären – och hon planerade ett tidstypiskt firande.
– Jag får väl umgås med mina lagkamrater via Teams. Vi har ju våra olika coronaanpassade bubblor, säger hon till orienteringsmagasinet.se.
Evelina Wickbom tog brons medan Magdalena Olsson, som tog silver i sprinten, tappade till en femteplats.
Audun Heimdal, Norge, vann herrarnas jaktstart. Rasmus Wickbom var bäste svensk på åttonde plats.