Real Madrid fick en straff sedan domaren tittat på reprisbilder som visade att Sergio Ramos dragits ner i straffområdet, medan Barcelona fick två straffsituationer granskade utan bifall.
– Jag förstår inte VAR, jag tror att det bara används mot Barca, sade Koeman efter matchen.
– Vi har spelat fem ligamatcher och VAR har bara varit emot oss, aldrig med oss.
Koeman anser att straffen i det klassiska mötet, som Ramos själv slog in, avgjorde matchen som Real Madrid till slut vann med 3-1.
— Fram till dess spelade vi bra, sade Koeman.
Barcelona har bara sju poäng efter fem ligamatcher och ligger just nu på tolfte plats.