Han ersätts av Alexis Trujillo, ett känt namn i fotbollsklubben eftersom han gjorde över 250 matcher för Betis mellan 1993 och 2000.
54-åringen har tidigare varit assisterande och tillfällig huvudtränare i laget, och jobbade fram till på söndagen som sportsligt ansvarig i klubben.
Betis har bara tagit en poäng på tre matcher efter coronapausen.
Laget ligger på 14:e plats i La Liga och 0–1-förlusten borta mot Athletic Bilbao blev Rubis sista match som huvudtränare i klubben.