Enligt Bruni lider den 84-årige påven av divertikulit, vilket förenklat innebär inflammation i så kallade tarmfickor. Tillståndet kan bland annat innebära återkommande smärtor.
Operationen ska enligt Matteo Bruni genomföras senare under söndagen och ett nytt uttalande kommer när den är klar.
Det är första gången Franciskus läggs in på sjukhus sedan han tillträdde ämbetet 2013.
Tidigare under dagen verkade påven vara i fin form när han välsignade tusentals besökare på Petersplatsen som deltog i den traditionella söndagsbönen. Samtidigt tillkännagavs att han planerar att resa till Slovakien och Ungern i september.
Påve Franciskus har ibland problem med sin andning vilket beror på att han i sin ungdom i Argentina – som är hans hemland – på grund av sjukdom opererade bort en del av sin ena lunga.
Påven lider också av ischias och behandlas därför regelbundet av sjukgymnast.