Babis anklagades för att på ett bedrägligt sätt ha tillskansat sig motsvarande runt 21 miljoner svenska kronor i EU-bidrag till en konferensanläggning 2007, genom att via en skenmanöver dölja att han äger anläggningen. Miljardären Babis har dock upprepade gånger sagt att anklagelserna var politiskt motiverade.
"Oskyldig", twittrar Babis efter att domen meddelats.
"Jag är väldigt glad att vi har ett oberoende rättsväsende och domstolen bekräftade vad jag har sagt från början. Att jag är oskyldig och inte har gjort något olagligt".
Åklagarsidan, som hade begärt tre års villkorlig dom och böter på 10 miljoner tjeckiska kronor, runt 4,7 miljoner svenska kronor, kan överklaga domen.
Babis är en av kandidaterna i presidentvalet i Tjeckien, som hålls på fredag och lördag.