Människorättsgruppen säger att det bland annat handlar om sexuellt våld mot flickor så unga som 12 år, men också attacker som riktas mot civila mål såsom sjukhus och kyrkor samt plundring.
Sedan den 15 april i år har strider pågått mellan den reguljära armén och den paramilitära styrkan Rapid Support Forces (RSF).
"Civila i hela Sudan utsätts för ofattbara fasor varje dag när Rapid Support Forces och Sudans väpnade styrkor hänsynslöst kämpar om kontrollen över territoriet", säger Amnestys generalsekreterare Agnès Callamard i ett pressmeddelande.