Av parlamentets 150 ledamöter röstade 78 för att avsätta Heger – som leder det konservativa partiet Vanligt folk som ingår i en minoritetsregering bestående av tre partier.
Misstroendeomröstningen som väcktes av Liberala partiet kom tre månader efter det att regeringen förlorade sin majoritet i parlamentet, då Frihets- och solidaritetspartiet lämnade koalitionen. Det senare partiets ledare Richard Sulík säger att han inte längre har förtroende för Hegers regering, och att han är särskilt kritisk mot finansminister Igor Matovic.
Igor Matovic, som tidigare var premiärminister, erbjöd sig att avgå för att få oppositionen att dra tillbaka misstroendeomröstningen, men erbjudandet nobbades av Liberala partiet.
Socialdemokratiska partiets ledare Peter Pellegrini applåderar utgången i omröstningen.
– Det är den bästa möjliga julklappen till det slovakiska folket, säger Pellegrini.
Regeringens fall innebär antingen att president Zuzana Caputová utser en ny premiärminister eller att landet går mot nyval. Opinionsmätningar tyder på att oppositionen skulle ha goda chanser att gå segrande ur ett nyval.
Eduard Heger tillträdde som premiärminister i april 2021. Hans regering tillträdde sedan den vunnit valet 2020, genom att lova hårdare tag mot korruptionen i landet.