Undantagstillståndet ska gälla i 30 dagar, uppger landets försvarsminister Alberto Otarola och meddelar att orsaken är "vandalism, våld och vägspärrar".
"Den nationella polisen med stöd av de väpnade styrkorna kommer att upprätthålla kontrollen av hela det nationella territoriet" och "framför allt strategisk infrastruktur och säkerheten och välbefinnandet för alla peruaner", säger Otarola i ett uttalande.
Fängslandet av Castillo har utlöst vågor av rikstäckande protester under vilka flera personer har dött. De protesterande kräver att den avsatte presidenten släpps fri och att hans efterföljare avsätts.
Demonstranterna har även krävt att det omedelbart beslutas om ett datum för nyval både till presidentposten och parlamentet – men på onsdagen meddelade även den nytillsatta presidenten Dina Boluartes ett nytt datum för nyval: december 2023.
Det här efter att det tidigare förslaget ratats av de protesterande. I söndags uppgav hon att valet skulle tidigareläggas till våren 2024 – istället för i juli 2026.
Castillo avsattes och greps efter det att han den 7 december försökt att upplösa parlamentet och införa undantagslagar. Anledningen var en planerad omröstning i parlamentet kring huruvida Castillo skulle avsättas.
Castillo ska förhöras på torsdag. Efter det fattas beslut om han ska fortsätta vara frihetsberövad, uppger domare.
Castillo anklagas för uppror och konspiration.