Domen föll på fredagen i Kosovos specialkammare, en instans som upprättats i Haag i Nederländerna för att hantera brott i 1990-talets krig.
Salih Mustafa nekade till brott, men döms för att ha låst in människor som uppfattades som anhängare till serbiskt styre. Han ses som ansvarig för att fångarna torterades och att en av dem mördades.
Det är den första domen i sitt slag och kallas en milstolpe som ska bidra till försoning. Spänningarna är fortfarande stora mellan Kosovo och Serbien, vilket yttrat sig i politiska bråk under hösten.