Beslutet att åter öppna ambassaden ska bland annat ses i ljuset av att Danmark i slutet av året tar över ledarskapet för Natos träningsprogram som utbildar irakiska styrkor i landet.
"Vår närvaro handlar inte minst om att bekämpa Islamiska staten och den förfärliga vålds-, döds- och terrorregim som de representerar", säger utrikesminister Jeppe Kofod (S) i ett pressmeddelande.
"Med vårt engagemang vill vi säkra att Islamiska staten inte får fotfäste i regionen igen och därmed möjlighet att hota Europa och Danmark", säger Kofod.
Ambassaden väntas öppna under hösten.