Förra veckan uppskattades varianten utgöra omkring 10 procent av fallen.
– Dess andel ökar i procent, inte i absoluta tal eftersom det samlade antalet fall minskar, säger Olivier Véran till radiokanalen France Info.
På måndagen rapporterades 509 nya fall av covid-19 i Frankrike.
Den mer smittsamma deltavarianten av coronaviruset har på sistone fått snabb spridning över hela världen, och fått en del länder att återinföra vissa reserestriktioner.