Geneina dömdes av en militärdomstol för fem år sedan för att "ha spridit information som skadar militären" i Egypten. Geneina hade sagt i en intervju med Huffpost Egypt att en tidigare presidentkandidat i landet hade dokument som skulle "vara komprometterande för flera personer" inom den dåvarande regimen.
Enligt Geneinas advokat Hossam Bahgat fördes han direkt till ett häkte på tisdagen efter att ha avtjänat sitt femåriga fängelsestraff.
Geneina ledde Egyptens riksrevionsorganisation när han avskedades av president Abd al-Fattah al-Sisi 2016. President al-Sisi anklagade Geneina för att ha överdrivit kostnader för korruption i Egypten.
Geneina hade beräknat kostnaden till motsvarande över 680 miljarder kronor mellan åren 2012 och 2016.
De nya anklagelserna mot honom rör samarbete med terrorister och spridande av falska nyheter, enligt advokat Bahgat.