Krigsfartyget kom två gånger in på danskt vatten, båda gångerna vid Christiansø, nordost om Bornholm.
– Det är mycket uppseendeväckande, Det är en grov kränkning och bryter mot alla regler om hur man uppför sig på sjön, säger försvarsminister Morten Bødskov (S).
Utrikesminister Jeppe Kofod skriver på Twitter att han kallat upp den ryske ambassadören för en förklaring.