Anklagelserna kommer från den särskilda fredstribunalen i Colombia, som skapades 2016 för att utreda krigsbrott under den flera årtionden långa konflikten mellan den colombianska staten, Farc-gerillan och andra milisrörelser. Fallet är det första där Colombias egen militär anklagas.
Motiven för morden ska ha varit att få befordran eller andra förmåner, genom att påstå sig ha dödat rebeller. Men många av offren bestod av vanliga bönder och köpmän, säger åklagare Catalina Diaz.
– Det var ett slags mönster av djupgående kriminalitet, det vill säga upprepandet av minst 120 mord under två års tid i samma region, med samma tillvägagångssätt av samma grupp människor som går att koppla till en kriminell organisation, säger Diaz.