Människorättsorganisationen Human Rights Watch (HRW) har anklagat styrkorna för att ha använt "överdrivet dödligt våld" i tillslagen och att minst 55 människor dödades.
Enligt HRW skadades också många människor i tillslagen mellan den 13 och 24 april i olika delar av landet.
Olika vittnen har talat om många dödsoffer när polisen bland annat öppnat eld mot BDK-medlemmar.
Regeringen har tidigare sagt att åtta sektmedlemmar dödades medan åtta poliser skadades allvarligt när sektens ledare greps den 24 april.
André Lite, minister med ansvar för människorättsfrågor, säger nu att en utredning startats som är i "händerna på det militära rättssystemet".
– Förhör har hållits och utredningen är hemlig, säger han.