Demonstranterna ska har försökt sätta eld på flera fordon och ta sig in i polisens högkvarter i staden.
Polis i kravallutrustning skickades till högkvarteret som förstärkning och enligt lokala medier sköt polisen gummiklädda kulor och använde distrationsgranater mot demonstranterna.
På sociala medier och i lokala tv-kanaler cirkulerade bilder på små grupper av människor, många klädda i den brasilianska flaggans färger grönt och gult som blivit en symbol för "bolsonarismen", som drog omkring på gatorna.
Enligt Brasiliens säkerhetsmyndighet bröt oroligheterna ut efter det att polisen gripit en person som misstänks för att ha deltagit i antidemokratiska protester.
Bolsonaro har inte officiellt erkänt sig besegrad, men inte heller motsatt sig det maktöverlämnande som sker den 1 januari.
På måndagen ratificerades da Silvas seger i presidentvalet i en ceremoni i Brasilia.