– Graviditeten för den här minderåriga avbröts i går (lördag) i enlighet med gällande lagar och vad de rättsliga myndigheterna i vårt land beslutat, säger ministern.
Flickans öde har delat Bolivia, där en stor del av befolkningen är katoliker.
Elvaåringen, som bor i regionen Santa Cruz, våldtogs flera gånger av sin styvfarfar och blev gravid.
Flickans familj ville först att en abort skulle genomföras. Hon var på sjukhuset när religiösa grupper övertygade hennes mamma om att ställa in den.
Bolivias ombudsman för mänskliga rättigheter engagerade sig i frågan och vände sig till domstol, varpå myndigheterna tilläts ingripa.
Den katolska kyrkan i staden Santa Cruz protesterade mot aborten genom att låta alla kyrkklockor ringa, för att de "ofödda barnens röster skulle ljuda i allas samveten".