Räddningstjänsten larmades klockan 16.29 på lördagen. Olyckan ska ha skett i närheten av Rutströmsselet norr om Vassijaure.
Norsk och svensk räddningstjänst samverkade i räddningsarbetet. En ambulans skickades från vardera land och en ambulanshelikopter från Sverige.
– Vi har en fjällräddare där och fyra personer från räddningstjänsten, med bandvagnar och snöskotrar, säger Trond Olofsson, inre befäl på räddningstjänsten.
Polisen meddelade att skoterföraren, en man i 20-årsåldern från Pajala, har krockat in i ett träd, flugit av skotern och fått den över sig. Han var vaken men medtagen.
Han fördes till Gällivare sjukhus med ambulanshelikoptern. Där bedömdes han ha lindriga skador och mannen har förts över till vårdavdelning.