Sjöhistoriska museet har på uppdrag av länsstyrelsen gjort studien, som framför allt lyfter fram ett fynd, som ligger mellan Svartöstaden och Hamnholmen.
Där hittade forskarna en liten båt i trä, som de först trodde var ungefär 100 år gammal.
– Sedan började vi inse att den kunde vara äldre, säger Mikael Fredholm, intendent på Sjöhistoriska museet.
Efter att ha jämfört med andra vrak så gjorde marinarkeologerna bedömningen att ekan är från tidigt 1800-tal, vilket innebär att den är en fornlämning.
– Det krävs nog fler utredningar, men om den är det så kan man inte utan vidare spränga och muddra där utan att länsstyrelsen godkänner det, säger Mikael Fredholm.
Fyndet är en äldre, klinkbyggd träbåt med akterspegel och rak förstäv. Den är tjärad och har järnnitade bord. På akterspegeln finns järnbeslag som marinarkeologerna tror är rester av ett roderfäste.
"Sjöhistoriska museet har ingen kännedom om denna båttyp" skriver Mikael Fredholm i rapporten.
Han tycker att vraket är det mest intressanta som kom fram under kartläggningen.
– Det här var den som var lite klurig, säger Mikael Fredholm.
Äldre småbåtar är ett eftersatt forskningsområde, och därför tycker han att det behövs mer undersökningar av vraket, som kallas ID 16.
Marinarkeologerna hittade ett antal andra vrak också. Till exempel en kabelutläggningspråm, en fritidsbåt och en träsnipa. Men ingen av dem har byggts innan 1850, som är den så kallade fornlämningsgränsen.
Fornlämningar är skyddade i lag.
– ID 16 är det enda möjliga hindret för muddring i farleden, säger Mikael Fredholm.
Han kan dock inte med 100-procentig säkerhet säga att vraket är en fornlämning. Forskarna behöver göra ett årsringsprov, men vid dykningen förra sommaren kunde man inte komma åt tillräckligt bra material.
– Bordläggningen var för tunn, säger Mikael Fredholm.
Det är nu upp till länsstyrelsen att besluta om det ska genomföras fler undersökningar på vraket.
Men även om forskarna hittade en hel del så fattas fortfarande ett omtalat vrak: Oscar av Slite, ett barkskepp som ska ha skadats av is och förlist söder om det norra inloppet till Luleå 1878. Vraket har inte hittats, enligt Sjöhistoriska museet.