Händelsen inträffade i slutet av september vid en av Luleås skolor.
Offret, som också är en pojke, drabbades av smärta och valde att polisanmäla sin skolkompis.
Åklagare Anette Ölmbro valde dock att inte rubricera det som ett sexuellt övergrepp.
– Nej, jag valde misshandel. För inga kläder har tagits av. Utan den här 16-åringen ska ha stött till kraftigt med järnröret mot ändtarmen. Men det är ingen tvekan om att det är fråga om ett brott, säger Ölmbro.