En kraftig brand rasar på platsen, rapporterar nyhetssajten Delfi. Det ska röra sig om ett två våningar högt bostadshus. På bilder syns kraftig rök stiga från området.
Minst en person har omkommit i kraschen, som inträffade vid 05.30 på måndagsmorgonen.
– Två har förts till sjukhus, en har dödförklarats. Det här är personerna som var på planet, enligt preliminära uppgifter, säger Saulius Rasevskis vid räddningstjänsten till LRT.
Det finns inga rapporter om skadade i bostadshuset. Området är inte särskilt tätbefolkat, men det finns enstaka hus i omgivningen.
Räddningstjänsten söker efter den fjärde besättningsmedlemmen.
Planet tillhör en entreprenör som flyger för DHL och kom från tyska Leipzig. Fyra personer, varav två piloter, ska ha varit ombord. Minst en av piloterna uppges ha varit vid medvetande när han fördes till sjukhus.
Orsaken till olyckan ännu inte klarlagd, uppger DHL Litauen för LRT.