Eftersom det handlar om ett känsligt och viktigt område bör LKAB komplettera sin ansökan med en geoteknisk utredning för att avslöja eventuella sprickor i berget, skriver Naturvårdsverket.
LKAB måste pumpa bort grundvatten för att bryta malm i dagbrottet, beläget mellan Kiruna och Svappavaara.
LKAB:s egen undersökning visar att myren i Rautas, som ligger på andra sidan E 10, inte påverkas men Naturvårdsverket vill att bolaget ska komplettera med en markradarundersökning.
– Sprickor innebär en större risk för att grundvattennivån sänks i det skyddade myrområdet. Om det händer finns risk för att värdefulla naturvärden i myren skadas och det strider mot EU:s lagstiftning, säger Måns Cederberg, miljöjurist vid Naturvårdsverket.
Mark och miljödomstolens dom kom i början av juli och gäller för förberedande arbete. Tillståndet innefattar även villkor om att LKAB ska infiltrera vatten till Natura 2000-området om grundvattennivån skulle sjunka.
Något Naturvårdsverket sätter sig emot.
– Det är en annan kemisk sammansättning på det vatten som skulle infiltreras jämfört med det vatten som kommer till myren idag. Det är ett mindre näringsrikt vatten och processen med infiltration skiljer sig också i övrigt från de naturliga förhållandena, vilket skulle påverka de livsmiljöer och arter som ska skyddas, säger Cederberg.
Naturvårdsverkets överklagan förvånar inte Per-Erik Lindvall, direktör för teknik- och affärsutveckling inom LKAB.
– Det här flaggade Naturvårdsverket för redan vid domstolsförhandlingen. Men vi är trygga med domen och hur domstolen hanterade precis de frågor som överklagandet handlar om.
Någon markradarundersökning är inte aktuell i dagsläget.
– Våra experter tycker att våra undersökningar är tillräckliga och att det ska fungera bra som det är.
LKAB fortsätter med förberedelserna trots överklagandet.
– Vi har ett verkställighetsförordnande som gäller tills vidare, säger Per-Erik Lindvall.
Den slutgiltiga domen om gruvdriften i Mertainen väntas komma i slutet av sommaren.