Larmet om drunkningstillbudet kom vid 9.35-tiden på söndagen. Ambulanshelikopter och sex enheter från räddningstjänsten skickades till platsen, som ligger i nordöstra delen av Kiruna kommun.
Räddningstjänsten sökte i sjön med helikopter och två båtar.
– Båten har kantrat och en man saknas. Vi söker efter honom men några ytterligare rapporter har jag inte nu, sade Peter Wikström, inre befäl vid räddningstjänsten, på förmiddagen.
Efter lunchtid på söndagen avslutade räddningstjänsten sin insats. Polisen tog i stället över och fortsatte eftersöket, bland annat med hjälp av polishelikopter.
Under söndagskvällen saknades mannen fortfarande och befaras ha drunknat.
Uppdaterad 20.45:
Enligt Radio Norrbotten har polisen pausat sökandet som hittills har varit resultatlösa. Under måndagen återupptas sökandet, då med hjälp av dykare.