Kvinnan, en miljöingenjör från södra Sverige, gick längs Padjelantaleden i början av augusti.
Hon tältade cirka sex kilometer norr om Kisurisstugan.
Där drack hon vatten från en jokk.
När hon fortsatte sin vandring efter övernattningen gick hon över en våtmark, som jokken avvattnar, och då kände hon en stark lukt av gift.
Blödande tandkött
Enligt ett brev hon har skickat till länsstyrelsen i Norrbotten "luktade det som det gift man exempelvis sprutade på äppelträden på 60-talet, någon typ av insektsgift".
Efter vandringen blev hon "konstigt sjuk", med starkt blödande tandkött, nedsatt kondition och en infektion i kroppen.
Kvinnan misstänker att det kan ha samband med vattnet hon drack från jokken.
På grund av det har hon varit i kontakt med länsstyrelsen som har skickat ärendet vidare till miljökontoret vid Jokkmokks kommun, som har startat en utredning genom att ta prover från Padjelanta.
Miljökontoret inväntar nu provresultat som ska visa om något tyder på att platsen är förgiftad.
- Förutom hennes brev har vi inte fått in några andra uppgifter om gift i området, säger miljöinspektör Sabina Sjöström.