Pojkens styvpappa varnade honom för polisen via appen Snapchat.
Händelserna inträffade i slutet av april förra året, när pojken och flickan hade kontakt med varandra via sociala medier.
Pojken åtalas för sexuellt övergrepp mot barn, utnyttjande av barn för sexuell posering och sexuellt ofredande mot barn.
Pojken har enligt stämningsansökan förmått en då 12-årig flicka att ta bilder på sig själv av sexuell karaktär, och även skickat klipp och bilder till flickan på sig själv.
När polisen i höstas gjorde husrannsakan hemma hos pojkens föräldrar befann han sig inte på någon av adresserna, utan var hemma hos sin flickvän.
I samband med att polisen sökte efter pojken hemma hos sin mamma skickade mammans pojkvän, en man i 40-årsåldern, varningar till pojken via appen Snapchat.
"Polisen är här och söker dig", skrev mannen.
"Men varför?", svarar pojken.
"De ska ta din telefon".
Mannen skriver fler meddelanden:
"De kommer till XXX (flickvännens namn) nu".
"Skynda dig därifrån".
"Gå inte efter några stora vägar".
"Göm dig i garaget".
Pojken gav sig iväg från sin flickvän, och instruerade henne att hon skulle ljuga för polisen och säga att han inte varit där. Flickvännen sade till polisen att hon skjutsat hem honom kvällen innan.
När polisen därefter gav sig av från flickvännens adress upptäckte de dock pojken gåendes efter en väg, och de kunde beslagta hans mobiltelefon.
Pojken och styvpappan åtalas vid Luleå tingsrätt.
Styvpappan erkänner att han skickat ut varningarna men anser att han agerat instinktivt som en närstående. Han uppger att han och pojken har en nära relation och att syftet inte var att undanhålla något, utan i stället att åka till polisen med pojken under lugnare omständigheter.
Han åtalas för skyddande av brottsling. Mannen medger omständigheterna men nekar till brott.
Förhören med övriga inblandade är sekretessbelagda. Enligt åtalet erkänner sig pojken "till viss del" skyldig till brott.
Åklagare Elin Björkén anser att han begått gärningarna med uppsåt, och i vart fall varit oaktsam beträffande omständigheten att flickan var under 15 år.