Larmet inkom vid 11-tiden på lördag förmiddag.
Olyckan ska ha skett längs sen skoterled mellan Mava och Pieskehaure.
– Två mindre barn i ett skoterekipage har fallit ur pulkan och slagit i huvudena. De mår dåligt, ett av barnen har spytt, säger Anders Calderäng, länsvakthavande befäl hos polisen.
Först var det tänkt att norsk räddningshelikopter skulle rycka ut till olycksplatsen men de hade ingen möjlighet.
I stället fick Norrbottenspolisen skicka iväg den helikopter som tidigare på lördag förmiddag undsatte en man från att drunkna utanför Trundön.
– De flyger från kust till fjäll inom loppet av bara några timmar. Det gör en mycket bra insats, säger Anders Calderäng, polisen.
Uppdatering klockan 13.50
Den norska räddningshelikoptern kunde flyga till olycksplatsen, trots tidigare uppgifter.
Även länets polishelikopter och flera skoterpatruller ankom till olycksplatsen som ligger i en djup fjälldal, vilket gör kommunikationen begränsad.
En flicka i okänd ålder har transporterats till sjkuhuset i Bodö.
– Hon hade sårskador i pannan, säger Anders Calderäng, länsvakthavande befäl hos polisen.
Skadeläget gällande det andra barnet är okänt.