I höstas tvingades han trappa ned på takten och nu lämnar han jobbet.
"Tyvärr har mitt hälsotillstånd förvärrats avsevärt under det senaste året. Jag kan inte längre prestera på den nivån som med rätta förväntas av en chefsdirigent", säger Barenboim i ett uttalande.
Daniel Barenboim har bland annat varit chefsdirigent för Orchestre de Paris och musikalisk ledare för det italienska operahuset La Scala. Den nuvarande positionen på Staatsoper Unter den Linden i Berlin har han haft sedan 1992.
I sitt avsked tackar han bland andra den tidigare förbundskanslern Angela Merkel för att hon ofta kom och lyssnade när han uppträdde.
Daniel Barenboim har även utmärkt sig för sin aktivism och sitt arbete för fred i Israel och Palestina. Han har bland annat lett konserter i Gaza och på Västbanken och han har startat en skola i Berlin för lovande musiker från Mellanöstern.