Tillgångar knutna till tidningen värda 18 miljoner Hongkongdollar – cirka 20 miljoner kronor – frystes i torsdagens tillslag, då de två cheferna Ryan Law och Cheung Kim-Hung greps misstänkta för att ha samarbetat med utländska krafter och underminerat Kinas nationella säkerhet.
Enligt Apple Daily planerar man att överklaga beslutet om de frysta tillgångarna i rätten.
Tre andra företag med kopplingar till Apple Daily åtalas för samma brott under Kinas nya säkerhetslag och har också fått sina tillgångar frysta.
På lördagen nekades Ryan Law och Cheung Kim-Hung borgen och kommer därmed att hållas i förvar i väntan på nästa framträdande i rätten i augusti. Tillslaget mot Apple Daily har mötts av skarp kritik från omvärlden och ses som ett led i att Peking alltmer skärper sitt grepp över Hongkong.