Oro för ökad smittspridning i pandemin och tecken på en svagare global återhämtning än väntat bidrar till utvecklingen.
Tokyobörsens Nikkeis 225-index sjönk till slut 0,6 procent, medan det bredare Topix-index gick ned 0,4 procent – efter betydligt kraftigare kursfall inledningsvis.
Utvecklingen följde på det att Japans regering i torsdags, med hänvisning till nödläge i pandemin, beslöt att inte tillåta någon publik på OS.
Taiwanbörsen sjönk 1,2 procent, medan Seoulbörsen backade 1,1 procent.
Shanghaibörsen låg dock på en oförändrad nivå inför den avslutande handeln, medan Hongkongbörsen låg på plus 1 procent.
Den skakiga utvecklingen på ledande Asienbörser följer på en nedgångar på Wall Street i torsdagens handel, där Dow Jones industriindex och Nasdaq sjönk 0,7 procent.
På räntemarknaden fortsätter räntorna på statsobligationer med långa löptider att pressas nedåt samtidigt som valutor som betraktas som riskfyllda sjunker i värde.